在棉花的种植中，棉花枯萎病和黄萎病在棉花生产中为害极大、毁灭性强，一旦发生，苗期引起大量死苗，成株期蕾铃大量脱落、植株枯死，损失严重。棉花枯萎病、黄萎病都是系统侵染的维管束病害，其防治方法基本相同，应以预防为主，进行统合防治。
1、加强种子检疫。严禁从病区调入棉种、棉籽饼和棉籽壳。
2、选用抗病品种。在棉花生产中，选用抗病品种，提高植株抗病性，控制病害发生。
3、实行轮作倒茬。对重病田实行轮作换茬，可与小麦、玉米等禾谷类作物轮作3—5年。
4、进行种子处理。好棉花播种前的药剂浸、拌种工作，消灭种子上的菌源，或选用包衣棉种。
5、加强田间管理。勤中耕，深中耕，提高地温，降低土壤湿度。开沟排水，降低地下水位。增施腐熟的有机肥和磷、钾肥，避免偏施氮肥。
6、搞好现蕾前的预防工作。棉花现蕾期是棉花枯、黄萎病发生和发展的关键期，可在棉株显症之前喷洒磷酸二氢钾、黄腐酸盐、绿风95等营养剂，提高棉株抗病性，减轻病害的发生。
7、做好发病后的补救工作。①田间发现零星病株后，应立即拔除集中烧毁，并对病穴及其周围进行消毒。②严重地块可采用喷雾与灌根相结合的方法。用3%广枯灵水剂300—500倍液、或用12.5%治萎灵200—250倍液，加磷酸二氢钾、绿风95进行喷雾，5—7天喷1次，连喷3—4次。灌根，每株用药液50—100ml，可减轻危害，控制病害蔓延。未发病地块，应喷洒黄腐酸有机肥或绿风95、磷酸二氢钾等叶面肥，以提高棉株抗病力，减少发病，7—10天喷1次，连喷2—3次。
