尽管用了大量农药，病虫害还是难以控制。更为严重的是，新的病虫害不断出现，“用啥药都控制不住”。一些老菜农反映，设施蔬菜生产为病虫害越冬和繁殖提供了适宜场所，导致病虫害发生多、蔓延快、危害重。这些年白粉虱、蚜虫、红蜘蛛、蓟马、潜叶蝇、根结线虫等虫害以及枯萎病、炭疽病、叶霉病、灰霉病、霜霉病、疤斑病、晚疫病等病害越来越多，危害逐渐加重，迫使菜农用药次数增加，药量加大。
中国科学院植物研究所首席研究员蒋高明认为，蔬菜大棚本身就是用农药、化肥、农膜“制造”出来的“有毒”微环境。为了打破四季交替规律种菜，就必须使用大量农膜、农药、化肥，而这又势必对土壤、水体造成污染，污染之后又需要进一步加大化肥、农药的用量，在更大程度上造成污染，形成“鸦片式治疗”的恶性循环。
