1、缺钙而产生的心腐病
是导致芹菜烂心的主要原因。芹菜缺钙时，生长点的幼嫩组织初为褐色，后变黑直至枯死，同时病害向下延伸到茎基部和根部，致使茎表面变褐干枯，剖开生长点后可见内部中空，呈褐色干腐状，略有酸味。
为芹菜补充钙肥的同时，要注意补充硼肥。菜农可以通过叶面喷施0.5%氯化钙或0.3%的硝酸钙溶液混0.2%的硼砂溶液进行预防。同时，菜农应减少氮肥，尤其是铵态氮的使用量，适当增加钾肥用量，以利于钙的吸收利用。
2、缺硼
土壤中有效硼含量偏低或由于拮抗作用而使植株不能正常吸收硼素。芹菜对硼比较敏感，当硼吸收不足时，表现为心叶畸形，叶脉间不规则褪绿，以后心叶呈烧焦状，茎秆出现横向裂纹。硼肥主要采取叶面喷施，用0.1%的硼砂溶液，5～7天喷1次，连喷3次。
3、黑腐病
黑腐病容易从靠近地面的茎基部发病，向上侵染，可造成心叶腐烂，染病后受害部先变灰褐色，扩展后变成暗绿色至黑褐色，初病部表皮完好无损，后破裂露出皮下染病组织变黑腐烂，病菌可随雨水传播，菜农可喷施75%百菌清可湿性粉剂700～800倍或50%扑海因600倍进行防治。
4、软腐病
该病属细菌性病害。近期多雨导致地面潮湿，杂草丛生，封垄遮荫，植株容易染病，可通过雨水或灌溉蔓延。芹菜软腐病主要发生在叶柄基部或茎上，向上传播可侵染心叶，症状易与缺钙或缺硼导致的生理性病害混淆。
但软腐病易在潮湿环境下发生，病部有臭味，仔细观察也比较好分辨。可通过喷施27%铜高尚悬浮剂600倍、77%可杀得可湿性微粒粉剂500倍或47%加瑞农600倍液进行防治。
5、菌核病
菌核病主要从芹菜靠近地面的叶柄基部和根茎部侵染，导致受害部位呈水浸状腐烂，湿度大时可见白色菌丝，后形成鼠粪状黑色菌核。菜农可以使用40%的菌核净800倍液或50%扑海因1000倍液、或20%克菌星750倍液，喷洒防治即可。
6、高温多湿
芹菜虽喜欢湿润，但高温多湿，对生长不利，会造成烂心死亡。热暴雨过后，畦内积水时间太长，根部缺氧，造成沤根，烂心死亡。提醒菜农培育壮苗是重要的措施，育苗时，要及时间苗。
促进叶柄粗壮、根系发达。合理浇水，防止畦内湿度过大，幼苗3～4片叶时要间干间湿，促进根系发育。定植浇水后，以后浇水不宜太多。热雨过后，及时排雨防涝。
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