中药材的需求量很大，极大地刺激了中药材栽培产业的发展，但市场上流通的GAP（中药材生产质量管理规范）基地的产品与非GAP基地的产品比，在价格上没有优势。当前GAP基地产出的药材主要是企业为保证产品质量用于本企业的中成药产品而生产，而非进入销售市场。目前GAP存在以下问题：
1.对GAP认证的认识和理解亟须深化。中药材GAP制定的目的是规范中药材生产，保证中药材质量，促进中药材标准化、现代化。在对中药材GAP的把握中，一定要理解中药材实施GAP的精髓，其最终目的是保证中药材的质量。因此，GAP的核心是保证质量的操作和实践。GAP在本质上是农业操作，农业生产不会像工业生产那样精细，相反常有其自身的不确定性。GAP在实施过程中，要因地制宜，实事求是，不可走形式。
很多专家和企业忽视GAP认证的本质是认证管理体系，而过分纠结于具体的栽培地块，导致一旦出现连作障碍，需要轮作，很多企业就不知所措，这给GAP的实施带来了很多障碍。
2.GAP认证基地布局不够合理。据统计，长期栽培的200种中药材只有1/4基地通过GAP认证，可见开展认证的中药材种类集中而且局限。中药材GAP基地分布图显示，已通过认证的GAP主要集中在我国中西部地区，如陕西、甘肃、云南、湖北、贵州等省。对比我国大宗常用的道地药材分布图，可以看出GAP基地分布非常不均衡，很多道地药材的生产区，尤其是东部和东南部地区的很多道地药材都没有开展GAP认证。
3.地缘经济及小农经济耕作是中药材规范化和规模化生产的瓶颈。目前，多数中药材栽培是以农户为主，处于较分散状态。近年来，由于企业或农场的参与，中药材生产不论在品种、数量还是规模方面，都有很大提高，不少中药材出现成片大面积栽培，为规范化生产打下基础。但中药材生产多在山区和欠发达地区，生产基地基础设施薄弱，基地产品订单率低，为中药材规模化生产带来了极大的困难。
4.比较效益偏低限制了GAP的发展。由于需求不断增加造成的供不应求，加上社会游资炒作，近年来中药材价格成倍甚至几十倍的增长。但由于农村劳动力转移和生产成本大幅上升，造成农业生产成本逐年提高，人们更愿意去买卖药材而不是生产药材。所以，虽然一些企业也意识到如果不从源头控制中药材生产和供应，会为企业的长远发展留下隐患，但短时间内对多数企业投资中药栽培的动力仍显不足。
5.优良品种选育基础空白。所谓的品种，通常是指经过数百年数千年生产中筛选，具有极其稳定的遗传性状的类群。多数农作物可进行规模化生产的原因在于同一品种具有极大的一致性，它们可在短时间内同时发芽、出苗、拔节、开花、结果；多数中药材栽培历史较短，优良品种选育的基础基本空白，很多品种的稳定性远没有达到农作物品种的水平。
